近日，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部南海漁業(yè)資源開發(fā)利用重點實驗室遺傳育種創(chuàng)新團(tuán)隊對黃鰭棘鯛基因組解析的研究取得重要進(jìn)展，相關(guān)研究成果在國際知名期刊Genomics上在線發(fā)表，朱克誠副研究員為論文第一作者，張殿昌研究員為通訊作者。該研究得到農(nóng)業(yè)農(nóng)村部財政專項、廣東省實驗室項目、中國-東盟海上合作基金等共同資助。
黃鰭棘鯛是華南咸淡水區(qū)域主要養(yǎng)殖的魚類之一，典型河口魚類，肉質(zhì)細(xì)嫩，味道鮮美，深受消費者歡迎。但是，長期以來，黃鰭棘鯛野生苗種生長相對緩慢，亟待開展黃鰭棘鯛生長快、抗病能力強(qiáng)的新品種選育；繪制黃鰭棘鯛基因組精細(xì)圖譜，可為其重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳解析和全基因組選擇育種提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
重點實驗室張殿昌研究員團(tuán)隊利用第二、三代測序和Hi-C染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)，構(gòu)建了黃鰭棘鯛染色體水平的基因組圖譜，其基因組大小為806Mb，contig N50和scaffold N50分別達(dá)到2.60 Mb和30.2 Mb，利用Hi-C技術(shù)成功將90.8%的組裝序列掛載到24條染色體上，鑒定出19,631蛋白編碼基因，基因家族分析顯示ARRDC3 和 GSTA基因家族在廣鹽性的鯛科魚類中出現(xiàn)了大量擴(kuò)張，為后續(xù)研究鯛科魚類滲透壓調(diào)節(jié)機(jī)制提供了重要參考。
論文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2021.04.017。
黃鰭棘鯛基因組序列圖譜
黃鰭棘鯛ARRDC3基因家族信息
