實驗站科研基礎設施較完善，配套了生態環境、生物技術、珊瑚及魚類繁育增殖、水動力、漁業聲學等實驗室，總面積750平方米；配套儀器230臺（套），配備室內試驗水池470立方米，實驗池塘10畝、海域200畝。實驗站已建成南海漁業資源環境領域獲取原始資料和基礎數據、開展漁業綜合科學研究、服務漁業生產的重要科技創新平臺。

實驗站制定了科研基礎設施儀器設備共享、安全保密等制度，建立了相應的共享平臺，妥善解決共享使用中的保密、重復購置和浪費等問題。充分發揮區位優勢，把實驗站打造成為我國立足南海面向全國的海洋漁業領域高水平的科技創新、交流合作、人才培養、成果培育以及推廣應用平臺。實驗站作為公共研究平臺在所內各部門之間共享良好，也積極和所外各單位開展共享交流，大型儀器設備由專人負責操作使用和維護，實行專管共用。實驗站建立了網站，建立了科研材料、數據、信息、知識產權、儀器設備的共享平臺。